Con un marcado corte cinematográfico, combates en tiempo real y un desarrollo en tercera persona, Alpha Protocol nos pone en el papel de Michael Thorton, un joven e inexperto espia al que deberemos ayudar a ascender en el escalafon de su empresa aceptando diferentes encargos y viajando alrededor del mundo.
El juego nos emplaza en Shangai, donde Salem y Rios deberian sobrevivir a un asalto masivo sobre la ciudad que, una vez mas, pondra a prueba las dotes para el combate de los dos mercenarios.
